而另一部分则是运输舰队，由十二艘五百吨级的大沙船，六艘大型纵帆快速运输船，四艘护卫舰和四艘通报船组成，运载了全部的建材和工匠。
两支舰队出征的作法完全不同，大舰队的出征大张旗鼓，生怕别人不知道，临行前，舰长们都是告诉船员，他们此次的目的是围攻马尼拉湾，消灭菲律宾主力舰队，而运输船队则一直处于保密状态，无论水手还是工匠，在离开基隆军港的时候，还一直以为他们是要北上崇明，支援崇明要塞的建设，而护卫舰队更是从崇明、永宁分舰队之中调遣，事前一无所知。
运输舰队从台湾外海航行，而大舰队大张旗鼓的走台湾海峡，甚至骚扰劫掠了一批趁着北风季前往马尼拉贸易的走私船，很快，大舰队南下的情报通过通报船抵达了马尼拉，从澳门、香港和大员三个渠道提供了这个消息，菲律宾都督区最高长官科奎拉下令备战！
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